戰爭爆發!CircRNA和IncRNA與科研黨之翻譯功能大作戰
欄目:最新研究動態 發布時間:2019-06-06
了解關于CircRNA作用機制的一些新研究發現及進展,探究CircRNA和IncRNA與科研黨之翻譯功能大作戰的行動計劃……

    繼IncRNA與miRNA之后,科學家在對CircRNA作用機制方面也取得了不錯的一些新研究發現及進展,本次我們一起來探究CircRNA和IncRNA與科研黨之翻譯功能大作戰的行動計劃。正式開始之前,先來看下目前已知的CircRNA的五種功能。

      

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圖1:已知的circRNA的五種功能

                                                                                                                                                           1.circRNAs作為miRNA海綿2. 轉錄調節3. 翻譯功能4. 產生circrna派生的假基因5.  影響選擇性剪接

 好的,閑話少敘,讓我們以CircRNA內心獨白這一有趣的形式展開本次的主題,探討CircRNA和IncRNA與科研黨之翻譯功能大作戰的具體行動計劃。

CircRNA(內心cos):我和IncRNA本與其他miRNA一樣,不喜江湖紛爭,只愿意流浪世間,隱匿于茫茫基因數據中,這樣的日子是何等逍遙恣意。可是你們科研黨為什么非要對我們緊追不舍?你們先是將miRNA揭露了個底朝天,讓他的行蹤暴露于眾人之前,甚至連我偽裝成sponge收容miRNA都被你們發現。

如今,我和IncRNA既已無路可躲那便無需再躲,不如讓你們了解我、尊重我、敬畏我。那么是時候做那件事了,

本次行動代號:出鞘吧,翻譯之功!

行動戰場:左心室心肌組織

行動盟友:Sebastiaan van Heesch先生,核糖體小姐

行動出兵數:總計209人,其中circRNA有40人,IncRNA有169人

行動計劃如下:

第一部分:科研黨中的德國盟友Sebastiaan van Heesch,負責獲取收集65例擴張性心肌病(DCM)患者左心室心肌組織和15例正常對照者的左心室心肌組織,進行核糖體圖譜測序和轉錄組測序,測序開始,發出信號,然后原地待命;

第二部分:核糖體小姐帶領眾小兵等待信號,收到信號后的第一時間內,circRNA軍區的將士們需釋放自己的接口位置,混跡在其他circRNA平民中并假裝偶然隨意的被核糖體小姐抓捕到接口序列,然后扭送至測序端口,如此,作為一個可能被翻譯的circRNA暴露在眾人眼前。

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圖2:Ribosome Profiling分析可翻譯的circRNA

                                                                                  當核糖體恰好處在接口位置并被Ribosome Profiling實驗捕獲時才被認為是可能被翻譯的circRNA,在不少于3個樣本且總Reads數不少于5個,接口位置Reads 少于9nt的跨接口堿基,才被認定為有效的可翻譯circRNA

“關于本次行動,大家還有什么不清楚的嗎?”

“老大,我們故意暴露科研黨們會相信嗎,會不會覺得是個陷阱?”

“放心,我們的盟友是Sebastiaan van Heesch先生是他們眼中的大牛,具有不小的權威性,并且有核糖體小姐相助,他們會相信的,何況我們還犧牲了CDR1as和CSNK1-G3,CDR1as和CSNK1-G3此前已經多次曝光早已成為了他們眼中的明星分子,再加上幾個初次露面的士兵circCFLAR,circSLC8A1,circMYBPC3和circRYR2,他們相信的可能性很高。明白嗎?”

“明白。只許成功,不許失敗!”

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                                                                                                                                                      藍色的6個circRNA即為“明星分子”, 它們的翻譯產物在早期的蛋白質組學研究中有對應的質譜線索

為了將士們的安全,有一批俠義之士自愿加入為我們擾亂敵人眼線。其中919個基因會分成1090個uORF出現在ORF區域的上游區,62個基因的74個dORF出現在ORF區域的下游區。遇到它們眾將士不必驚慌更不用打招呼,他們的任務是在DCM患者的分戰場區最大可能提高的翻譯效率,來掩護大家安全。

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圖4:心臟中uORF和dORF翻譯。

                                                                                                                                   來自919個基因的1090個uORF,來自62個基因的74個dORF。DCM的uORF翻譯效率總體高于對照組,暗示可能存在疾病特異性的uORF翻譯調控作用

第三部分:IncRNA軍區的將士們,此前你們一直奮斗在這場無硝煙戰的前線,因此敵人很早就知道你們的特技之一是翻譯功能。但是本次戰斗我們得讓敵人嘗點新鮮厲害的東西——可翻譯的sORF。

“另外,可有具備典型的線粒體定位信號的將士自愿獻身做俘虜?”

“很好!三位勇敢的IncRNA士兵們,你們三個的sORF將在進行Flag融合后進行免疫熒光驗證,一旦結果證實人為過表達的多肽有很強的線粒體定位后你們的任務就完成了。”

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                                                                                                                                                                                                         圖5:線粒體定位IncRNA編碼的小肽

眾將士們,本次行動只許成功,不許失敗。任務成功之后,Sebastiaan van Heesch先生會發出信號:Sebastiaan van Heesch, et al. The Translational Landscape of the Human Heart. Cell (2019).

“明白。只許成功,不許失敗!”

 

 

 

 
















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